Atkinsona nahradil na trenérské lavičce Alex Ferguson a získal s ním v první sezóně 11. místo, ale již v další sezóně (1987/88) obsadily United druhou příčku a Brian McClair se stal prvním hráčem od dob George Besta, který nastřílel v rudém dresu 20 branek za sezónu. Avšak další sezóna se opět nepovedla a nové Fergusonovi posily nesplnily očekávání fanoušků. Na začátku roku 1990 se objevily spekulace, že bude trenér vyhozen, ale výhra ve třetím kole Poháru FA udržela Fergusona v pozici. Navíc pak rudí ďáblové tuto trofej vyhráli. Devadesátá léta představují nejslavnější kapitolu v dějinách klubu. Na vítězství v Poháru FA navázali United v následující sezóně vítězstvím v Poháru vítězů pohárů (1990-1991), když ve finále porazili Barcelonu 2:1, a vše ještě podtrhli ziskem Superpoháru (proti CZ Bělehrad). Úspěchy v pohárových soutěžích v sedmdesátých a osmdesátých létech však nemohli - přes nespornou popularitu FA Cupu - vynahradit vítězství v ligové soutěži. Když United přes velmi nadějný průběh nakonec ztratili ligovou sezónu 1991-92 (druzí za Leeds United), vypadalo to na prokletí, které prostě nedokážou překonat. Následující sezóna však nepřinesla jen změnu názvu nejvyšší anglické soutěže (z First Division se stala Premier League), ale také příchod hráče, který pro tým Alexe Fergusona znamenal svorník pevně propojující celou konstrukci - Erica Cantony. V sezóně 1992-93 United získali první ligový titul po 26 letech a hned v následujícím roce jej obhájili. Zisk druhého titulu v řadě ještě okořenili vítězstvím v FA Cupu a tedy prvním double v historii klubu; v téže sezóně těsně přišli o "domácí treble" prohrou ve finále Ligového poháru. V té době se také United vrátili do nejvyšší evropské klubové soutěže - Ligy Mistrů - ve které však při svých dvou prvních účastech neuspěli, zčásti kvůli malým mezinárodním zkušenostem, zčásti také kvůli limitovanému počtu cizinců, mezi které se v tomto období počítali i Irové, Velšani a Skotové a tým tak nemohl nastupovat v nejsilnější sestavě. Sezóna 1994-1995 byla pro klub dost nešťastná. Sezónu nedohrál Eric Cantona, který byl vyloučen na Crystal Palace a při odchodu ze hřišti napadl fanouška, který jej hrubě urážel; Cantona byl distancován až do podzimu (tedy přišel o začátek další sezóny) a United přišli jak o titul (v poslední den sezóny jen remizovali, jakékoli vítězství by znamenalo třetí titul v řadě), tak o FA Cup - ve finále soutěže prohráli s tehdy výrazně slabším Evertonem. Konec sezóny byl navíc poznamenán odchodem tří opor - Hughese, Kančelskise a Ince, který Alex Ferguson nekompenzoval drahými nákupy, ale nasazením neostřílených mladíčků. K Ryanu Giggsovi, který v týmu zářil již několik let, se přidali další odchovanci - bratři Nevillové, Paul Scholes, Nicky Butt a David Beckham. Přes porážku v úvodním kole dalšího ročníku, kterou bývalý hráč FC Liverpool Alan Hansen komentoval slovy "s dětmi nemůžete vyhrávat trofeje" se sezóna 1995-1996 proměnila v další úspěšný rok - po návratu Erica Cantony United získali další titul resp. double, když ve finále poháru (gólem Cantony) porazili - Liverpool. V následující sezóně tým opět obhájil titul, ale poměrně nešťastně vypadl v semifinále Ligy Mistrů s pozdějším vítězem Dortmundem a hlavně - Eric Cantona nečekaně ukončil kariéru. Do sezóny 1997 - 98 klub vstoupil klub velmi nadějně. Ještě v lednu United vedli suverénně ligu, měli - po hladkém průběhu základní skupiny - zajištěno čtvrtfinále Ligy Mistrů a když v FA Cupu vedli v průběhu zápasu 5:0 nad Chelsea na Stamford Bridge, vypadalo to na další triumfální sezónu. Jaro však přineslo celou řadu zranění a když v jednom týdnu United prohráli v lize doma 0:1 s mocně (v tabulce ligy) dotahujícím Arsenalem a následně vypadli z Ligy Mistrů s Monacem, přišla celá sezóna nazmar. Před následující sezónou - jednou z nejúžasnějších v dějinách klubového fotbalu - United posílili Jaap Stam - nizozemský pilíř obrany, Jesper Blomqvist - skvělá alternace k Ryanu Giggsovi a Dwight Yorke - trinidadský střelec získaný z Aston Villy za tehdy rekordních 12,6 mil. liber. V této sezóně United získali Treble, navíc způsobem, který nemohl být více strhující. Boj o ligový titul s Arsenalem rozhodli až v posledním kole, v poháru FA museli porazit v podstatě všechny špičkové týmy Anglie (Liverpool, Chelsea, Arsenal a Newcastle) a zejména 3.kolo s Liverpoolem (2 góly v posledních minutách zápasu - 2:1) a vítězství v opakovaném semifinále s Arsenalem (za stavu 1:1 v poslední minutě chytil P.Schmeichel penaltu D.Bergkampovi a v nastavení - kdy United již byli bez vyloučeného R.Keanea - dal Ryan Giggs po sólu přes 6 hráčů vítězný gól na 2:1) vešly do dějin klubu. Vrcholem pak bylo účinkování v Lize Mistrů. Po postupu ze základní "skupiny smrti" (s Bayernem Mnichov a Barcelonou) United přešli přes Inter Milán (2:0, 1:1) a Juventus Turín (1:1 doma, 3:2 v Turíně) až do finále - opět proti Bayernu. Záloha Giggs - Keane - Scholes - Beckham se díky předvedeným výkonům ještě "za života" stala legendou a útočný tandem Dwight Yorke - Andy Cole rovněž. Samotné finále Ligy Mistrů nebylo z pohledu United nejlepším zápasem. Chyběli po semifinále distancovaní Keane a Scholes a improvizovaná záloha nepodala srovnatelný výkon. Bayern se navíc brzy a lacině ujal vedení, měl další šance (tyč a břevno) a ještě na začátku nastavení vedl 1:0. Pak však po dvou rozích D.Beckhama během dvou minut zápas otočili náhradníci Teddy Sheringham a Ole Gunnar Solskjaer, United zvítězili ve finále Ligy Mistrů 2:1 a ziskem Treble připravili fanouškům klubu největší zážitek historie. Tento úspěch navíc korunovali na sklonku roku vítězstvím v Interkontinentálním poháru nad Palmeiras 1:0 (gólem Roye Keanea), čímž historicky překonali své předchůdce z roku 1968, kdy United prohráli po vítězství v PMEZ s Estudiantes La Plata. Další dvě sezóny (1999-2000 a 2000-2001) měli velmi podobný průběh - United poměrně s přehledem vyhráli Premier League, ale v Lize Mistrů vypadli vždy ve čtvrtfinále. V té době hráli vynikající fotbal, ale přeci jen trpěli odchodem brankářské legendy P.Schmeichela, kterého nikdo z jeho nástupců (M.Bosnich, R. van der Gouw, M.Taibi) nedokázal nahradit. Angažováním nizozemského kanonýra Ruuda van Nistelrooije a postupným odchodem (mj.) J.Stama, D.Yorkea a A.Colea se složení týmu, který v roce 1999 měl stále velký potenciál, přeci jen začalo měnit; velké naděje vzbudil příchod francouzského brankáře Fabiena Bartheze (mistra světa 1998), nicméně i jeho kariéra v United byla vroubena řadou fatálních chyb. V sezóně 2001-2002 klub postoupil do semifinále Ligy Mistrů, kde smolně vypadl s B.Leverkusen, a vyhrál - po skvělém finiši - Premier League v roce 2003, nicméně od té doby šla křivka jeho úspěchů poněkud dolů a jedinou trofejí ze sezón 2003-2004 a 2004-2005 byl FA Cup v roce 2004. Odchodem legend Davida Beckhama (2003 - do Realu Madrid) a Roye Keanea (2005 - do Celticu Glasgow) zůstali v klubu poslední mohykání z roku 1999: Paul Scholes, Gary Neville a Ryan Giggs. S nástupem peněz Romana Abramoviče do Chelsea v roce 2003 dominantní postavení Manchesteru United (soupeřícího v období 1998 - 2003 v podstatě jen s Arsenalem) v anglickém fotbale skončilo, klubem otřásla změna vlastnických vztahů (koupil jej v létě 2005 za velkého odporu fanoušků americký miliardář Malcolm Glazer) a v sezóně 2005-2006 navíc United poprvé za deset let nepostoupili ze základní skupiny Ligy Mistrů. Nová generace hráčů (vedle již zkušených van Nistelrooije a R. Ferdinanda zejména Wayne Rooney a Cristiano Ronaldo), neutuchající zájem fanoušků (byť po převzetí M.Glazerem přeci jen trochu utlumený) a přes určitou stagnaci stále vynikající ekonomické výsledky (byť opět zejména odpůrci M.Glazera kritizované) jsou však příslibem, že se rudí ďáblové z Old Trafford dokážou vrátit zpět na pozice nejvyšší jak v anglickém tak evropském fotbale. Což dokázali v tomto roce, kdy i bez Nistelrooije (šel v létě 2006 do Realu Madrid) vyhráli Premier League a v půlce sezóny dokonce mohli myslet ještě na treble. Ale pak přišla zranění, která se jim po celou sezónu vyhýbala a to asi rozhodlo. Aktivní byl pouze jeden útočník a to sice Rooney. Štěstí bylo, že měl vysokou formu C.Ronaldo a to nejen na konci, ale po celý rok. Byl 3.nejlepší střelec Premier League a vysloužil si ocenění pro nejlepšího hráče Premier League. Přitom o něj United mohli v létě 2006 přijít po známém incidentu z MS, kdy Rooney šlápl portugalského hráče do rozkroku a Cristiano šel za rozhodčím a říkal mu, aby dal Rooneymu červenou, což taky udělal. Rooney byl přesvědčen, že to byla Ronaldova práce, ale po několika shlédnutých záznamech zjistil, že by ji dostal stejně. Ale v Ronaldovi viděl pořád nepřítele. Cristiano se ale už do United vrátit nechtěl, protože se bál reakce anglického publika. United ho ale chtěli udržet, a tak se vydal asistent trenéra Carlos Queiros na Ronaldovu rodnou Madeiru, kde ho přesvědčil, aby se do United vrátil. Po návratu do United si vše s Rooneym vyříkali a stali se velmi dobrými přáteli, což se ukázalo i ve hře. Ale zpět. United i se zraněnými hráči v závěru sezóny si dokázali před Chelsea udržet 1.místo a jak jsem již psal, tak vyhráli. V FA Cupu se dostali až do finále, kde podlehli Chelsea. V Lize Mistrů byli už od začátku suverénní. Vše se jim dařilo. Ale v semifinále narazili na pozdějšího vítěze Ligy Mistrů a to sice AC Milán, který díky skvěle hrajícímu Kaká postoupil. I tak to ale byla velmi dobrá sezóna. United by se chtěli v příští sezóně dostat ještě víc a podle toho kupují i posily. Už získali portugalského vynikajícího mladíka Naniho, Brazilského mladíka a opět vynikajícího hráče Andersona a hvězdu Bayernu Mnichov Hargreavese. Ještě mají v plánu koupit nějakou posilu do útočné řady, protože tam nemají moc hráčů. K tomu ještě asi určitě odejde útočník Smith, na kterého se Ferguson zlobí, protože se Smith vyspal s milenkou Ronalda a tak nechce mít v klubu špatnou atmosféru a chce udržet svou největší hvězdu v pohodě